Das Museum befindet sich im Kreuzgang des Frankfurter Kaiserdoms St. Bartholomäus. Es wurde 1987 eröffnet, 2017 renoviert und neu gestaltet. Der Kreuzgang geht auf das frühe 15. Jahrhundert zurück. Seine Maßwerkfenster und das Deckengewölbe vermitteln trotz Zerstörungen und Veränderungen späterer Jahrhunderte noch heute eine Vorstellung von der einstigen Gestalt.

Die Geschichte des Doms beginnt mit dem Bau der Stiftskirche St. Bartholomäus. Im Mittelalter besaß der Dom einen reichen Kirchenschatz, bestehend aus Goldschmiedearbeiten, kostbaren Messgewändern und Stoffen, Handschriften und frühen Drucken. Nur ein kleiner Teil davon hat sich erhalten, bedeutende Bestände der heutigen Sammlung gehen auf die Barockzeit und auch auf das 19. Jahrhundert zurück. Zu sehen sind vor allem sakrale Schatzkunst und eine reiche Sammlung mittelalterlicher und barocker Messgewänder. Andere Exponate erinnern daran, dass der Frankfurter Dom seit dem 14. Jahrhundert Ort der Königswahl und später auch der Krönung des Kaisers des Heiligen Römischen Reiches war. Bedeutende Stücke wurden zudem bei Ausgrabungen 1991 im Dom entdeckt: In einem Kindergrab aus der Zeit um 700 fanden sich filigraner Goldschmuck, Glas- und Tongefäße sowie Spielsachen, Alltagsgegenstände und Amulette als Grabbeigaben. Weitere Zeugnisse geben Einblicke in die historistische Neugestaltung des Doms im 19. Jahrhundert.

Einen Eindruck von dem einstigen Reichtum zweier weiterer Frankfurter Stiftskirchen gewinnen die Besucherinnen und Besucher bei dem Rundgang durch das „Sakristeum“ im benachbarten Haus am Dom. In dieser 2006 eröffneten Dependance des Museums werden die Kirchenschätze der katholischen Pfarrkirche St. Leonhard und der Liebfrauenkirche präsentiert. Viele dieser wertvollen Stücke stammen aus den aufgegebenen Klöstern der Karmeliter und Dominikaner.