Seit 1978 ist das Museum im Schöfferhaus, einem 1823 erbauten ehemaligen Schulgebäude, untergebracht. Nach der Neugestaltung im Jahr 2003 wird auch ein historisches Gerätehaus der Freiwilligen Feuerwehr museal genutzt. Neu eingerichtet wurden eine stadtgeschichtliche Ausstellung sowie Präsentationen über das Fischerhandwerk und die Schifffahrt, die für Gernsheim in der Vergangenheit eine bedeutende Rolle spielten.

Eine eigene Abteilung ist dem im 15. Jahrhundert in Gernsheim geborenen Drucker und Verleger Peter Schöffer gewidmet, der der erste Mitarbeiter von Johannes Gutenberg war. Er gründete zusammen mit Johann Fust eine eigene Druckerei in Mainz, in der 1462 eines seiner Hauptwerke, eine 48-zeilige Bibel, erschien. Wie sich die Drucktechnik weiterentwickelt hat, kann man zum Beispiel an einer Druckerpresse von ca. 1900 nachvollziehen.

Ausführlich wird im Museum die Kirchen- und Wallfahrtsgeschichte dargestellt, wobei die südöstlich von Gernsheim gelegene und seit dem späten 15. Jahrhundert existierende Wallfahrtskapelle Maria Einsiedel eine besondere Rolle spielt. In dieser Abteilung sind auch sakrale Plastiken des 18. Jahrhunderts zu besichtigen.

Einen weiteren Schwerpunkt bilden die über tausend vor- und frühgeschichtlichen Funde. Darunter befinden sich tierische Relikte aus der Eiszeit von Mammut, Wollnashorn, Riesenhirsch, Wolf und Tüpfelhyäne. Neben jungsteinzeitlichen Gefäßen und Werkzeugen werden Randleistenbeile aus der frühen Bronzezeit gezeigt, die in einem Hortfund in Allmendfeld entdeckt wurden. Eine umfangreiche Sammlung römischer Keramik enthält unter anderem verzierte Terra-Sigillata-Gefäße. Ferner erinnern Münzen und Kleinfunde (z. B. Fibeln) an die Anwesenheit der Römer in der Region. Diese Objekte wurden auf dem Gelände der römischen Sumpfbrücke bei Allmendfeld und einer Villa bei Klein-Rohrheim gefunden.

Weitere Abteilungen beschäftigen sich mit der Feuerwehr und der Jagd. Außerdem kann in dem Schöfferhaus eine vom Bund der Vertriebenen eingerichtete Ostdeutsche Heimatstube besichtigt werden.